结肠镜检查与胃镜检查一样，一般来说很安全，但也会有一定的并发症发生率。最常见的并发症是肠穿孔，发生率有报道可达0.1%操作熟练的医生会使发生率大幅度降低，高龄患者中发生率偏高。