一般较单纯的肛瘘通过肛门指诊结合视诊即可明确诊断。但有的肛瘘特别是复杂性肛瘘尚需作探针探查（图4-6)、肛门镜、美兰染色、瘘管造影、X线摄片、B超、肛门肌电图等检查，才能明确瘘管的位置、内口的所在以及瘘管与肛门括约肌的关系，有时为了明确肛瘘的性质尚须作病理切片检查等.