引起慢性结肠炎的常见原因有下列几种：

1、细菌感染：

大都由于急性期治疗不当，而演变为慢性结肠炎，加之由于反复急性发作而致肠功能紊乱，使病程更为延长。如细菌性痢疾所引起的慢性结肠炎，在临床上就极为常见，一且转为慢性，大便培养很少能发现致病菌，因而可能是某些复杂原因对肠粘膜造成慢性炎症。沙门氏菌属感染、食物中毒、肠结核和由于不合理的抗菌素广泛应用而致的金黄色葡萄球菌与霉菌(白色念珠菌)感染等，亦是慢性结肠炎的原因。

2、原虫及寄生虫感染：

阿米巴痢疾在转为慢性期后，由于粘膜上皮增生，使溃疡底部形成肉芽组织，引起肠壁增厚，肠腔狭窄，但愈合与组织破坏多同时存在，因而大便仍然经常出现脓血。滴虫性肠炎亦颇为多见，多表现为脐周疼痛，里急后重，糊状牯液便等。此外，黑热病原虫及一狴肠道寄生虫，亦可引起慢性结肠炎。

3、肠道自身疾病：

如结肠息肉、憩室、癌肿等，均可表现出腹泻，即所谓功能性结肠炎。憩室多呈间歇发作的腹泻，息肉则多以便血为主。

4、物理、化学性刺激所致的结肠炎：

长期进食粗糙多纤维食物、烈性刺激性食物、以及长期服用泻药等等，使肠管直接受到刺激，致使肠蠕动加强而产生腹泻。

5、消化障碍所致的慢性结肠炎：

由于暴饮暴食，食物过度发酵，可引起急性消化不良。而长期的消化不良，则可引起肠功能紊乱，进一步发展，则可以使肠粘膜发生炎变。在蛋白质消化障碍、胃分泌障碍时，可使肠内腐败过程增强，同样可以引起腐败性消化不良，最终亦可使肠粘膜炎变。

6、自身免疫反应：

一些慢性结肠炎患者可以并发自身免疫性溶血性贫血，血清中可查到抗结肠抗原，因而认为与免疫学有关。目前认为大肠杆菌具有与人体结肠相类似的交叉抗原性，这种抗结肠抗体引起的自身免疫反应，可能是溃疡性结肠炎的原因。

7、精神神经因素：

精神神经因素在慢性结肠炎中相当重要，非特异性者尤其如此，它们虽然不一定是致病原因，但却能作为诱因存在，而且能影响治疗效果。