由于炎性病变的部位、范围、轻重程度，不同，而有不同程度的发热、腹痛、腹泻或便秘、呕吐、腹胀、腹鸣、腹压痛、腹肌紧张等。由于病变多在回肠末段，腹痛往往位于右下腹和脐附近。腹痛一般为炎性痉挛及肠腔狭窄引起的绞痛。如果炎症累及腹膜，则呈持续性疼痛。粪呈糊状，一般并无脓血。约1/3病例有压痛性腹部肿块，多在右下腹，由增厚肠曲或脓疡所构成。

病人多为青壮年。起病一般缓慢，开始多为间歇发作，经数月或一年以上，成为持续性。

有的病人，呈下述较少见的特殊临床表现：

―、急性发作约占病例的5%，但在日本可高达70%。这也许与诊断标准不同有关。此类病例有下述特征：多见于儿童，较易游离穿孔，罕有形成瘘管者，通常并无肉芽肿发生。故可能并不完全属于通常慢性表现的局限性肠炎，而包括其他疾病，如，病毒性肠炎、肠系膜淋巴结炎、嗜伊红性肠炎或急性可逆性肠系膜血管循环障碍等。此类病情酷似急性阑尾炎，呈急性右下腹痛及压痛，低热，白细胞增高，偁有呕吐，多能自行缓解。

二、胃及十二指肠受累罕见，主要为肉芽肿造成胃及十二指肠梗阻，从而出现上腹胀、呕吐、贫血及低白蛋白血症。

三、回肠空场炎(Ileojejunitis)空肠受累的病例，通常均有普遍性空肠回肠炎，此种病人，因吸收面积遭受广泛损害，往往具有吸收不良综合征的表现，如脂肪泻、维生素缺乏、贫血、电解质紊乱、水肿、手足搐搦和恶病质等，儿童则有骨骼发育落后及性成熟延迟。

四、同时侵犯结肠至少有10冗的病例可以累及升结肠或结肠的其他部位，少数病例可累及全部结肠。因侵犯回盲瓣两侧的肠段，故具有此两处病变的临床表现。粪可含脓血。有时甚至里急后重。关节炎及虹膜炎在此类病人特别多见。

五、以合并症为首发症状如肠梗阻、 瘘管(肛门周围、腹壁、泌尿生殖系统等)、腹腔脓肿等。

六、发热有时是唯一症状。也可伴有关节痛、杵状指、贫血及消瘦等。因无腹痛及腹泻，故诊断比较困难。