慢性肠炎最典型的自觉症状，是腹泻。这种腹泻多发生在清晨或进食后，脐部周围有轻度疼痛，肠鸣音加剧，有肠内液体移动感，特别是在进行腹部触诊时更为明显。伴有慢性结肠炎时，往往有结肠痛、膨胀、便秘或腹泻、里急后重等，粪便可出现脓、血，粘液及未消化的食物。慢性肠炎或慢性结肠炎症状时好时坏，若不早期采取积极治疗，能迁延数年或数十年之久，最后使病人全身衰竭。

由于消化不良，蛋白质、维生素及其它物质吸收减退，从而引起高级神经活动障碍及营养代谢障碍，这些障碍反过来又加重慢性肠炎，使病程恶化，从而造成一个恶性循环。另外，在发病的内因方面,多数慢性肠炎患者为过敏性体质，也是值得特别注意的。